Отправлено: 07.02.08 11:35. Заголовок: Записки коматозного генетика ;)

Идея давняя - ей лет 10-15. Хочется написать серию текстов в стиле "Генетика и молекулярная биология для чайников", но так как писать я могу только, когда моя генетическая муза глаза продирает, то не обещаю писть часто от себя.
сечас есть повод начать. Во-первых, это к нашим черепашкам во вторых есть миленькая задача с другого форума, точнее две.
Задача номера 1. от девушки поного "чайника "

цитата:

К слову сказать, мама моей пропавшей кошки была ( и есть) черепаха. Не знаю с каким там котярой она с"вязалась" на даче, но родились котята именно черепахи и красные, и одна-единственная, которую никто не захотел тогда брать - моя любимая чернючка! Хозяйка еще тогда очень удивлялась- ну в кого она одна такая уродилась... Ничего в этих породах и в разведении не понимаю! А можно спросить у профессионалов или кто знает- от каких кошек-сибирячек родятся черные котята?

Сначала предлагаю попытаться разобраться самим, напоминаю красный сцеплен с полом, генотипы
XOXO - красная кошка
XoXO - черепаховая кошка
XoXo - не красная и не чрепаховая, а например черная, голубая и т.д.
XOY - красный кот
XoY - не красный кот
Черная зверь B-
Голубой зверь b
Предлагаю вычислить окрас папика и теоретическое распределение по окрасам у котят.

 Отправлено: 09.04.08 13:59. Заголовок: Какой еще пост с фот..

Какой еще пост с фоточкой? Я ничего не видела...

Катя, темка закрылась, потому что тут у всех тем определенный лимит, потом они самозакрываются, и мы благополучно открваем следующие. Что и было сделано Леной.

 Отправлено: 09.04.08 14:39. Заголовок: Написала я вчера по..

Написала я вчера пост про Касю. фотку тайского балинеза приложила... Отправила в тему - пост был, с форума вышла - зашла минут чере -цать.. Поста нет ... Пойду по кэшам пощу - обыдно.... Елки, а я ведь для Оперы не знаю где искать :(
И в общем у мен сегодня опять похоже на погоду с башкой нелады :(. завтра перепишу...

 Отправлено: 09.04.08 15:21. Заголовок: Так, как я нагло пр..

Так, как я нагло прогуливаю танцы из-за головы (урок я точно в таком состоянии не сделаю), то решила восстановить вчерашний пост про Касю.
Итак, может ли Кася иметь генотип ll.
Однозначно нет - генотип ll у тайских балинезов на фото 1 ( фотки стырены из соседней ветки). У ll гомозигот волосы более тонкие и шелковистые, даже на тех участках где они не удлиненные.
У Каси возможно генотип – у нее Ll действительно слегка удлиненная шерсть на брюшке и на ощупь она довольно мягкая и шелковистая (как и Симоны), правда, штанов и шерстки за ушками я не помню…
Так как у Локе генотип LL (я думаю не одна я могу дать за это зуб), то водзможно, что 1/3 их детишек так же, как мама являются гетерозиготами. Но вот есть ли гетерозиготы в помете «Т» для меня лично большой вопрос - они все были довольно гладкими в котятах.




PS Многие заводчики НО довольно легко определяют гетерозигот, когда собака хорошо "одета" . Насколько я знаю, считается, что у таких собак более богато украшены хвост и "штаны" и более мягкая шерсть за ушами. Возможно по этим признакам можно определить гетерозигот и у кошек. Но это уже вопрос к заводчикам тайских бали, поскольку у них больше возможности наблюдать кошек с разными генотипами...

 Отправлено: 09.04.08 16:12. Заголовок: Манина гетерозиготна..

Манина гетерозиготная шерсть очень отличается от Сониной, я бы сказала, она более шелковая, более длинноватая, нежели, чем Сонина. Для себя я делаю вывод, исходя из опыта вязок, что Соня гомозигота по короткой шерсти, а Маня гетерозиготна. Шерсть у них очень разная. У Мани нет штанишек и удлиненной шерстки за ушками, на хвосте шерсть не удлиннена.

 Отправлено: 15.04.08 15:37. Заголовок: Порасслаблялась я в..

Порасслаблялась я в веточке про некоррекцию, но надо к нашим горохам возвращаться.. Пришло время уличить Менделя кое в чем.. А потом и меня вслед за ним :Р

Чаще всего для определения того соответствуют ли результаты эксперимента той или иной гипотезе в генетике (да и в биологии и медицина) используют метод хи-квадрат – (χ2).
χ2 =Σ(H-O)²/O,
где Н - наблюдаемое значение, О-ожидаемое значение, символ Σ – суммирование по всем сериям экспериментов.


PS Ага вроде символы все нормально получаются - это радует - значит и формулы генетические можно нормально писать :)

 Отправлено: 15.04.08 15:44. Заголовок: Ну, я вот тут вообще..

Ну, я вот тут вообще не врубаюсь. Или тоже погода...С утра никакая.
Меня, глядя на такие закорючки, начинает упорно тянуть на приземленную конкретику, то исть, на примеры "по нашим баранам"...

Хи-квадрат - это что за зверь?..

 Отправлено: 15.04.08 16:02. Заголовок: хи- квадрат это функ..

хи- квадрат это функция - сейчас все на примерчиках разберем, только я найду адекватные нашей веточке определения двух довольно важных понятий и прямо на цифрах уважаемого Менделя все посчитаем

 Отправлено: 16.04.08 13:39. Заголовок: А где же те примерчи..

А где же те примерчики?

 Отправлено: 16.04.08 13:51. Заголовок: Со мной случился пр..

Со мной случился приступ кретинизма - не могу написать два определения - рррр

 Отправлено: 16.04.08 13:52. Заголовок: :sm146: :sm228: то..

тогда переждем приступ...

 Отправлено: 16.04.08 18:27. Заголовок: Со мной случился при..

цитата:

Со мной случился приступ кретинизма - не могу написать два определения - рррр

Леночка, ты потанцуй, подыши, помедитируй и придет второе дыхание!

 Отправлено: 17.04.08 15:01. Заголовок: Кретинизм затаился,..

Кретинизм затаился, поэтому быстренько продолжу ..
Есть еще два важных для метода χ2 понятия - число степеней свободы и уровень значимости (достоверности).
Число степеней свободы – для нас это число классов (n) минус единица, т.е n-1 . У нас два класса плодов - желтый и зеленый, или морщинистый и гладкий , т.е число степеней свободы для моногибридного скрещивания 2-1=1
Уровень значимости – риск того, что мы отвергнем истинную гипотезу. Выбор уровня значимости зависит от того насколько большая доказательность результатов вам нужна. Обычно выбирают в качестве уровня значимости выбирают 5% . Это означает, что, риск ошибиться в оценке составляет 5% .

 Отправлено: 17.04.08 15:10. Заголовок: Задача на дом - поп..

Задача на дом - попробовать самим – завтра распишу..
В F2 получено 787 высоких и 277 низких растений.
Символика T – высокие t – низкие
Расписать скрещивание, посчитать χ2, сравнить с табличным и сделать вывод - достоверна ваша гипотеза или нет …
Значение χ2 - пишу табличные значения только для степени свободы = 1
При уровни значимости
5% χ2=3,48
1% χ2= 6,64
Задача наверное довольно сложная, но если продраться через нее, то дальнейшее будт восприниматся несколько в новом свете. А главное - эта та призма (достоверность результатов) через, которую надо смотреть на многие результаты, например клинических испытаний

 Отправлено: 17.04.08 15:13. Заголовок: И еще немного дура..

И еще немного дурацкий вопрос, но вдруг у кого-нибудь есть подшивка журнала "Огонек" конца 80.. Я понимаю - мало таких плюшкных, которые будут хранить подшивки еженедельников...

 Отправлено: 17.04.08 15:14. Заголовок: У сапфиры спроси :s..

У сапфиры спроси у неё там за прошлый век куча всего при ремонте обнаружилось, может, и огонек будет

 Отправлено: 17.04.08 16:29. Заголовок: Я на задачу уствилас..

Я на задачу уствилась, как первоклашка на тригонометрию. Может, завтра моСк посвежее будет, че-нить покумекаю.

 Отправлено: 17.04.08 16:30. Заголовок: Я тож попыталась пок..

Я тож попыталась покумекать, но... что-то не поняла что и куда прикумекать Завтра буду пробовать опять

 Отправлено: 17.04.08 16:39. Заголовок: Подсказка. Не забыв..

Подсказка. Не забывайте про сигму в формуле . И еще серия экспериманте в данном случае будет скорее фенотипическим классом.
Надеюсь я вас не запутала .

 Отправлено: 18.04.08 12:59. Заголовок: Вчера все вспомнить..

Вчера все вспомнить не могла, что я упустила, начла задачу расписывать и поняла…
Замечание про уровень значимости в методе χ2.
Цитирую по прекрасному классическому учебнику П.Ф. Рокицкого «Биологическая статистика»

цитата:

Критерий χ2 используют для проверки определенной гипотезы, которая считается нулевой. Нулевая гипотеза обозначает, что нет различия между фактически полученными и исчисленными теоретическими данными. Значения χ2 , имеющиеся в таблице X (прим. мое – это номер таблицы в учебнике), указывают те границы, до которых полученные значения χ2 остаются с определенной вероятностью в рамках случайных отклонений, т.е. когда нет оснований сомневаться в принятой гипотезе. Значения χ2 ,превышающие табличные будут указывать на несостоятельность гипотез, т.е вынуждают отбросить нулевую гипотезу. Обычно принято считать допустимой границей вероятности 0,05. Следовательно,, если получено значение χ2 , близкое или несколько превышающее значения χ2 в графах с вероятностью от 0,99 до 0,10, но не превышающее значение в графе с вероятностью 0,05, нет оснований отбрасывать нулевую гипотезу,. Ее можно считать по-прежнему правильно. Если же получено значение 0,05, превышающее то которое находится в графе с вероятностью 0,05 (конечно, при данном числе степеней свободы), есть основания отбросить нулевую гипотезу, так как осталось только 0,05 (или 5%) шансов, что она правильна. Тем больше оснований для отбрасывания нулевой гипотезы, если фактическое полученное значение 0,05 превышает табличное в графе с вероятностью 0,01 Отбрасывание нулевой гипотезы – это признание того, что различие между фактическим и теоретически ожидаемым результатами является достоверно значимым

Этот кусочек должен помочь вам расставить точки на i в выводах к домашней задаче.
Решение через часика полтора выложу…

 Отправлено: 18.04.08 14:18. Заголовок: Формируем нулевую г..

Формируем нулевую гипотезу.
Согласно гипотезе Менделя соотношение высоких и низких 1:3
P (F1) Tt X Tt
Гаметы T t T t
F2 TT Tt Tt tt

TT+Tt=787
Tt=277


χ2 =Σ(H-O)²/O


Считаем ожидаемое - общее число растение 787+277=1064
О для длинных растение 1064*3/4=798
О для низких 1064/4=266
Считаем каждую серию под сигмой
Для высоких
Х1=(H-O)²/O=(787-798) ²/798=0,15
Теперь для низких

Х2=(H-O)²/O=(277-266)²/266=0,45

χ2=Х1+Х2=0,15+0,45=0,60
Расхождение допустимо, поскольку оно меньше табличного, следовательно мы принимаем нулевую гипотезу – «соотношение высоких и низких 1:3»


Жду вопросов по решению.